獣医疫学メモ帳

獣医疫学(に関係ないかもしれない)メモ帳。

2022-01-01から1年間の記事一覧

みんなの自動翻訳@TexTraのWebAPIをRから使用する

R

目的 みんなの自動翻訳@TexTra® の質問・要望欄を見ていたら、Web APIのRでのアクセス例の追加要望があったのでスクレイピングの練習も兼ねてやってみた。 コード 汚いコードですが動くのでOKです。 余力があったらパッケージ化してGitHubに上げる上げた。 …

RStudioのEast Asian Width問題をなんとかしたい(願望)

※ただの作業メモ。 目的未達。 誰かやってください...。 目的 RStudioで○や△や※を入力するとカーソル位置がおかしくなる問題(East Asian Width問題)をなんとかしたい。 こういうやつ 参考 東アジアの文字幅 - Wikipedia hamano/locale-eaw: East Asian Amb…

group_by() + summarise() でgroupごとにベクトルを結合する

R

目的 library(tidyverse) # これを data <- tribble(~x, ~y, "a", c(1, 2), "a", c(), "a", c(3), "b", c(), "c", c(4), "c", c(5) ) # こうしたい tribble(~x, ~y, "a", c(1, 2, 3), "b", c(), "c", c(4, 5) ) これが簡単そうにみえて意外と手こずったので…

ggplot2のヒートマップで中間値を任意に指定する

R

目的 ggplot2でヒートマップを作るときに中間値1を任意に指定したい。 最終的に記事下部のやり方その2に着地。 例 このプロットで0を青、1を黄色、2000を赤にする。 library(ggplot2) data <- faithfuld data$z <- faithfuld$density * 50000 ggplot(data, a…

Rmarkdown+TinyTeXでBIZ UDP明朝を使う

R

目的 ユニバーサルデザインフォントが好きだ。 RmarkdownのKnit to PDFで作成されるPDFにもUDフォントを使いたい。 ということでRmarkdown+TinyTeX環境でBIZ UDP明朝を使用するためのYAMLヘッダ設定。 追記(2022/06/14) Quarto が完成すると Jupyter でも …

Rで生存時間分析

そういえば生存時間分析を自分でしたことがなかったので、この間読んだ論文のデータを使って試してみた。 データ Hasche D, Ahmels M, Braspenning-Wesch I, Stephan S, Cao R, Schmidt G, Müller M and Rösl F (2022) Isoforms of the Papillomavirus Major…

さくらのレンタルサーバ+リバースプロキシ+WordPressでウェブサイトを動かす

研究室のウェブサイトを公開しようとしたらハマったので。 ウェブ関係全く詳しくない人間が手探りで問題解決した記録です。 前提 研究室ウェブサイトをWordPressで作成 大学提供サーバー(中身はさくらのレンタルサーバ)では同一ウェブサイトに https://大…

Journal Clubのやり方

ゼミでJournal Clubのやり方を説明したときのスライドです

獣医疫学関連の論文ガイドラインまとめ

獣医学疫学関連の論文を書くにあたって参照するといいかもしれないガイドラインのまとめ。 ガイドラインの一覧はJournal of Dairy ScienceのInstructions to Authorsから抜粋。 ガイドラインのチェックリストの提出が必須の雑誌もあるので要確認。 論文を書…

自然宿主とレゼルボアの定義の違い

結論 自然宿主:自然の状態でウイルスが伝播され存続する場となっている生物 レゼルボア:病原体がそこで複製・増殖し、感受性宿主に伝播される状態になっている生物および非生物 (少なくとも2022年4月1日時点での獣医学教育モデル・コア・カリキュラムにお…

Hello World

新年度なので。 獣医疫学に関係する(しないかもしれない)メモ帳になります。多分。