獣医疫学メモ帳

獣医疫学(に関係ないかもしれない)メモ帳。

R

みんなの自動翻訳@TexTraのWebAPIをRから使用する

R

目的 みんなの自動翻訳@TexTra® の質問・要望欄を見ていたら、Web APIのRでのアクセス例の追加要望があったのでスクレイピングの練習も兼ねてやってみた。 コード 汚いコードですが動くのでOKです。 余力があったらパッケージ化してGitHubに上げる上げた。 …

group_by() + summarise() でgroupごとにベクトルを結合する

R

目的 library(tidyverse) # これを data <- tribble(~x, ~y, "a", c(1, 2), "a", c(), "a", c(3), "b", c(), "c", c(4), "c", c(5) ) # こうしたい tribble(~x, ~y, "a", c(1, 2, 3), "b", c(), "c", c(4, 5) ) これが簡単そうにみえて意外と手こずったので…

ggplot2のヒートマップで中間値を任意に指定する

R

目的 ggplot2でヒートマップを作るときに中間値1を任意に指定したい。 最終的に記事下部のやり方その2に着地。 例 このプロットで0を青、1を黄色、2000を赤にする。 library(ggplot2) data <- faithfuld data$z <- faithfuld$density * 50000 ggplot(data, a…

Rmarkdown+TinyTeXでBIZ UDP明朝を使う

R

目的 ユニバーサルデザインフォントが好きだ。 RmarkdownのKnit to PDFで作成されるPDFにもUDフォントを使いたい。 ということでRmarkdown+TinyTeX環境でBIZ UDP明朝を使用するためのYAMLヘッダ設定。 追記(2022/06/14) Quarto が完成すると Jupyter でも …

Rで生存時間分析

そういえば生存時間分析を自分でしたことがなかったので、この間読んだ論文のデータを使って試してみた。 データ Hasche D, Ahmels M, Braspenning-Wesch I, Stephan S, Cao R, Schmidt G, Müller M and Rösl F (2022) Isoforms of the Papillomavirus Major…